Собрание музея, по праву, считается одним из интереснейших в Крыму. История его восходит к Музею древностей Таврической ученой архивной комиссии (основан в 1887 году) и естественно-историческому музею Таврического земства (основан в 1899 году).

Музей древностей создавался по инициативе Таврической ученой архивной комиссии (ТУАК), цель которой состояла в изучении архивных дел и отборе для бессрочного хранения наиболее значительных документов, представляющих историческую ценность. Комиссию возглавил видный общественный деятель А.Х. Стевен, сын Х.Х. Стевена - основателя всемирно известного Никитского ботанического сада. Подобные комиссии учреждались по всей России, и Таврическая явилась седьмой по счету. Однако ее деятельность вскоре вышла за рамки предписанных задач. Уже на втором заседании А.Х. Стевен обратил внимание присутствующих на то, что "Крым более богат вещественными памятниками старины, чем письменными", поэтому устройство археологического музея представлялось вполне закономерным.

Деятельное участие в становлении и развитии Музея древностей приняли известные в научных и культурных кругах люди: А.Л. Бертье-Делагард, А.И. Маркевич, Ф.Ф. Лашков, Н.Н. Клепинин, А.И. Кашпар...

Музей комплектовался преимущественно из пожертвований "бескорыстных любителей старины". И поскольку комиссия публиковала сборники трудов "Известия ТУАК" с ежегодными отчетами, мы знаем, кто были эти поименованные с благодарностью жертвователи, и что передавалось Музею.