Отдельным разделом музейной экспозиции является лапидарный комплекс, где представлена обширная коллекция ритуальных, могильных, архитектурных и хозяйственных изделий из камня, имеющих историческое и художественно-культурное значение.

Лапидарий организован по хронологическому принципу. Самые древние каменные изваяния относятся к эпохе ранней бронзы, наиболее поздние – к XIX веку.

Лапидарий располагается во внутреннем дворике музея, отдельные наиболее показательные экспонаты находятся в фойе здания.